Gauthier Aubert consacre ses recherches à l’histoire politique et sociale de l’époque moderne. Il a notamment publié Le Président de Robien, gentilhomme et savant dans la Bretagne des Lumières (2001), Les révoltes du papier timbré (1675). Essai d’histoire événementielle (2014), Révoltes et répressions dans la France moderne (2018), Les bonnets rouges ne sont pas des gilets jaunes. Archéologie des fureurs populaires en Bretagne (2019), et co-dirigé l’Histoire de Rennes (avec A. Croix et M. Denis, 2006), Les Parlements de Louis XIV (avec O. Chaline, 2010) et Rennes, 1720. L’incendie (avec G. Provost, 2020). Il dirige la collection « Histoire(s) de villes » aux Presses Universitaires de Rennes.